Trends in invasive bacterial diseases during the first 2 years of the COVID-19 pandemic: analyses of prospective surveillance data from 30 countries and territories in the IRIS Consortium
David Shaw
(1)
,
Raquel Abad
(2)
,
Zahin Amin-Chowdhury
(3)
,
Adriana Bautista
(4)
,
Desiree Bennett
(5)
,
Karen Broughton
,
Bin Cao
,
Carlo Casanova
,
Eun Hwa Choi
,
Yiu-Wai Chu
,
Heike Claus
,
Juliana Coelho
,
Mary Corcoran
,
Simon Cottrell
,
Robert Cunney
,
Lize Cuypers
,
Tine Dalby
,
Heather Davies
,
Linda de Gouveia
,
Ala-Eddine Deghmane
(6, 7)
,
Walter Demczuk
,
Stefanie Desmet
,
Mirian Domenech
,
Richard Drew
,
Mignon Du Plessis
,
Carolina Duarte
,
Helga Erlendsdóttir
,
Norman K Fry
,
Kurt Fuursted
,
Thomas Hale
,
Desiree Henares
,
Birgitta Henriques-Normark
,
Markus Hilty
,
Steen Hoffmann
,
Hilary Humphreys
,
Margaret Ip
,
Susanne Jacobsson
,
Christopher Johnson
,
Jillian Johnston
,
Keith A Jolley
,
Aníbal Kawabata
,
Jana Kozakova
,
Karl G Kristinsson
,
Pavla Krizova
,
Alicja Kuch
,
Shamez Ladhani
,
Thiên-Trí Lâm
,
María Eugenia León
,
Laura Lindholm
,
David Litt
,
Martin C J Maiden
,
Irene Martin
,
Delphine Martiny
,
Wesley Mattheus
(8)
,
Noel D Mccarthy
,
Mary Meehan
,
Susan Meiring
,
Paula Mölling
,
Eva Morfeldt
,
Julie Morgan
,
Robert Mulhall
,
Carmen Muñoz-Almagro
,
David Murdoch
,
Joy Murphy
,
Martin Musilek
,
Alexandre Mzabi
,
Ludmila Novakova
,
Shahin Oftadeh
,
Amaresh Perez-Argüello
,
Maria Pérez-Vázquez
,
Monique Perrin
,
Malorie Perry
,
Benoit Prevost
,
Maria Roberts
,
Assaf Rokney
,
Merav Ron
,
Olga Marina Sanabria
,
Kevin J Scott
,
Carmen Sheppard
,
Lotta Siira
,
Vitali Sintchenko
,
Anna Skoczyńska
,
Monica Sloan
,
Hans-Christian Slotved
,
Andrew J Smith
,
Anneke Steens
,
Muhamed-Kheir Taha
(6, 7)
,
Maija Toropainen
,
Georgina Tzanakaki
,
Anni Vainio
,
Mark P G van der Linden
,
Nina M van Sorge
,
Emmanuelle Varon
(9)
,
Sandra Vohrnova
,
Anne von Gottberg
(10)
,
Jose Yuste
(2)
,
Rosemeire Zanella
(11)
,
Fei Zhou
(12)
,
Angela B Brueggemann
(1)
1
University of Oxford
2 ISCIII - Instituto de Salud Carlos III [Madrid]
3 UKHSA - UK Health Security Agency [London]
4 Instituto Nacional de Salud [Bogota]
5 Children's Health Ireland at Temple Street
6 Infections Bactériennes Invasives - Invasive Bacterial Infections
7 CNR - Centre National de Référence des Méningocoques et Haemophilus influenzae - National Reference Center Meningococci and Haemophilus influenzae
8 Sciensano [Bruxelles]
9 CHI Créteil
10 NICD - National Institute for Communicable Diseases [Johannesburg]
11 Instituto Adolfo Lutz [São Paulo, Brazil]
12 PUMCH - Peking Union Medical College Hospital [Beijing]
2 ISCIII - Instituto de Salud Carlos III [Madrid]
3 UKHSA - UK Health Security Agency [London]
4 Instituto Nacional de Salud [Bogota]
5 Children's Health Ireland at Temple Street
6 Infections Bactériennes Invasives - Invasive Bacterial Infections
7 CNR - Centre National de Référence des Méningocoques et Haemophilus influenzae - National Reference Center Meningococci and Haemophilus influenzae
8 Sciensano [Bruxelles]
9 CHI Créteil
10 NICD - National Institute for Communicable Diseases [Johannesburg]
11 Instituto Adolfo Lutz [São Paulo, Brazil]
12 PUMCH - Peking Union Medical College Hospital [Beijing]
Karen Broughton
- Fonction : Auteur
Bin Cao
- Fonction : Auteur
Carlo Casanova
- Fonction : Auteur
Eun Hwa Choi
- Fonction : Auteur
Yiu-Wai Chu
- Fonction : Auteur
Heike Claus
- Fonction : Auteur
Juliana Coelho
- Fonction : Auteur
Mary Corcoran
- Fonction : Auteur
Simon Cottrell
- Fonction : Auteur
Robert Cunney
- Fonction : Auteur
Lize Cuypers
- Fonction : Auteur
Tine Dalby
- Fonction : Auteur
Heather Davies
- Fonction : Auteur
Linda de Gouveia
- Fonction : Auteur
Ala-Eddine Deghmane
- Fonction : Auteur
- PersonId : 746652
- IdHAL : ala-eddinedeghmane
- ORCID : 0000-0003-2887-1732
Walter Demczuk
- Fonction : Auteur
Stefanie Desmet
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Mirian Domenech
- Fonction : Auteur
Richard Drew
- Fonction : Auteur
Mignon Du Plessis
- Fonction : Auteur
Carolina Duarte
- Fonction : Auteur
Helga Erlendsdóttir
- Fonction : Auteur
Norman K Fry
- Fonction : Auteur
Kurt Fuursted
- Fonction : Auteur
Thomas Hale
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Desiree Henares
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Birgitta Henriques-Normark
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Markus Hilty
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Steen Hoffmann
- Fonction : Auteur
Hilary Humphreys
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Margaret Ip
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Susanne Jacobsson
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Christopher Johnson
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Jillian Johnston
- Fonction : Auteur
Keith A Jolley
- Fonction : Auteur
Aníbal Kawabata
- Fonction : Auteur
Jana Kozakova
- Fonction : Auteur
Karl G Kristinsson
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Pavla Krizova
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Alicja Kuch
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Shamez Ladhani
- Fonction : Auteur
Thiên-Trí Lâm
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María Eugenia León
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Laura Lindholm
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David Litt
- Fonction : Auteur
Martin C J Maiden
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Irene Martin
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Delphine Martiny
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Noel D Mccarthy
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Mary Meehan
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Susan Meiring
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Paula Mölling
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Eva Morfeldt
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Julie Morgan
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Robert Mulhall
- Fonction : Auteur
Carmen Muñoz-Almagro
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David Murdoch
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Joy Murphy
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Martin Musilek
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Alexandre Mzabi
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Ludmila Novakova
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Shahin Oftadeh
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Amaresh Perez-Argüello
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Maria Pérez-Vázquez
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Monique Perrin
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Malorie Perry
- Fonction : Auteur
Benoit Prevost
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Maria Roberts
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Assaf Rokney
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Merav Ron
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Olga Marina Sanabria
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Kevin J Scott
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Carmen Sheppard
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Lotta Siira
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Vitali Sintchenko
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Anna Skoczyńska
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Monica Sloan
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Hans-Christian Slotved
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Andrew J Smith
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Anneke Steens
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Muhamed-Kheir Taha
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- IdHAL : muhamed-kheir-taha
- ORCID : 0000-0002-0716-3174
- IdRef : 050218034
Maija Toropainen
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Georgina Tzanakaki
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Anni Vainio
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Mark P G van der Linden
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Nina M van Sorge
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Sandra Vohrnova
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Angela B Brueggemann
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Résumé
Background
The Invasive Respiratory Infection Surveillance (IRIS) Consortium was established to assess the impact of the COVID-19 pandemic on invasive diseases caused by Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, and Streptococcus agalactiae. We aimed to analyse the incidence and distribution of these diseases during the first 2 years of the COVID-19 pandemic compared to the 2 years preceding the pandemic.
Methods
For this prospective analysis, laboratories in 30 countries and territories representing five continents submitted surveillance data from Jan 1, 2018, to Jan 2, 2022, to private projects within databases in PubMLST. The impact of COVID-19 containment measures on the overall number of cases was analysed, and changes in disease distributions by patient age and serotype or group were examined. Interrupted time-series analyses were done to quantify the impact of pandemic response measures and their relaxation on disease rates, and autoregressive integrated moving average models were used to estimate effect sizes and forecast counterfactual trends by hemisphere.
Findings
Overall, 116 841 cases were analysed: 76 481 in 2018–19, before the pandemic, and 40 360 in 2020–21, during the pandemic. During the pandemic there was a significant reduction in the risk of disease caused by S pneumoniae (risk ratio 0·47; 95% CI 0·40–0·55), H influenzae (0·51; 0·40–0·66) and N meningitidis (0·26; 0·21–0·31), while no significant changes were observed for S agalactiae (1·02; 0·75–1·40), which is not transmitted via the respiratory route. No major changes in the distribution of cases were observed when stratified by patient age or serotype or group. An estimated 36 289 (95% prediction interval 17 145–55 434) cases of invasive bacterial disease were averted during the first 2 years of the pandemic among IRIS-participating countries and territories.
Interpretation
COVID-19 containment measures were associated with a sustained decrease in the incidence of invasive disease caused by S pneumoniae, H influenzae, and N meningitidis during the first 2 years of the pandemic, but cases began to increase in some countries towards the end of 2021 as pandemic restrictions were lifted. These IRIS data provide a better understanding of microbial transmission, will inform vaccine development and implementation, and can contribute to health-care service planning and provision of policies.
Domaines
Sciences du Vivant [q-bio]| Origine | Publication financée par une institution |
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