Multiancestry Genome-Wide Association Study of Lipid Levels Incorporating Gene-Alcohol Interactions
Paul de Vries
(1)
,
Michael Brown
(1)
,
Amy Bentley
(2)
,
Yun Sung
(1, 3)
,
Thomas Winkler
(4)
,
Ioanna Ntalla
(5)
,
Karen Schwander
(6)
,
Aldi Kraja
(3)
,
Xiuqing Guo
(7)
,
Nora Franceschini
(8)
,
Ching-Yu Cheng
(9, 10)
,
Xueling Sim
(10)
,
Dina Vojinovic
(11)
,
Jennifer Huffman
,
Solomon Musani
,
Changwei Li
,
Mary Feitosa
(3)
,
Melissa Richard
,
Raymond Noordam
,
Hugues Aschard
(12)
,
Traci Bartz
,
Lawrence Bielak
,
Xuan Deng
,
Rajkumar Dorajoo
,
Kurt Lohman
,
Alisa Manning
,
Tuomo Rankinen
,
Albert Smith
,
Salman Tajuddin
,
Evangelos Evangelou
,
Mariaelisa Graff
(8)
,
Maris Alver
,
Mathilde Boissel
(13)
,
Jin Fang Chai
(10)
,
Xu Chen
,
Jasmin Divers
,
Ilaria Gandin
,
Chuan Gao
,
Anuj Goel
,
Yanick Hagemeijer
,
Sarah Harris
,
Fernando Hartwig
,
Meian He
,
Andrea Horimoto
,
Fang-Chi Hsu
,
Anne Jackson
,
Anuradhani Kasturiratne
,
Pirjo Komulainen
,
Brigitte Kühnel
,
Federica Laguzzi
,
Joseph Lee
,
Jian'An Luan
,
Leo-Pekka Lyytikäinen
,
Nana Matoba
,
Ilja Nolte
,
Maik Pietzner
,
Muhammad Riaz
,
M Abdullah Said
,
Robert Scott
,
Tamar Sofer
,
Alena Stančáková
,
Fumihiko Takeuchi
,
Bamidele Tayo
,
Peter van Der Most
,
Tibor Varga
,
Yajuan Wang
(8)
,
Erin Ware
,
Wanqing Wen
,
Lisa Yanek
,
Weihua Zhang
,
Jing Hua Zhao
,
Saima Afaq
,
Najaf Amin
(11)
,
Marzyeh Amini
,
Dan Arking
,
Tin Aung
(9)
,
Christie Ballantyne
,
Eric Boerwinkle
,
Ulrich Broeckel
,
Archie Campbell
,
Mickaël Canouil
(13)
,
Sabanayagam Charumathi
(9)
,
Yii-Der Ida Chen
(7)
,
John Connell
,
Ulf de Faire
,
Lisa de Las Fuentes
(3)
,
Renée de Mutsert
,
H Janaka de Silva
,
Jingzhong Ding
,
Anna Dominiczak
,
Qing Duan
,
Charles Eaton
,
Ruben Eppinga
,
Jessica Faul
,
Virginia Fisher
,
Terrence Forrester
,
Oscar Franco
(11)
,
Yechiel Friedlander
,
Mohsen Ghanbari
(11)
,
Franco Giulianini
,
Hans Grabe
,
Megan Grove
(1)
,
C Charles Gu
(3)
,
Tamara Harris
,
Sami Heikkinen
,
Chew-Kiat Heng
,
Makoto Hirata
,
James Hixson
,
Barbara Howard
,
M Arfan Ikram
(11)
,
David Jacobs
,
Craig Johnson
,
Jost Bruno Jonas
,
Candace Kammerer
,
Tomohiro Katsuya
,
Chiea Chuen Khor
,
Tuomas Kilpeläinen
,
Woon-Puay Koh
(10)
,
Heikki Koistinen
,
Ivana Kolcic
,
Charles Kooperberg
,
Jose Krieger
,
Steve Kritchevsky
,
Michiaki Kubo
,
Johanna Kuusisto
,
Timo Lakka
,
Carl Langefeld
,
Claudia Langenberg
,
Lenore Launer
,
Benjamin Lehne
,
Rozenn Lemaitre
,
Yize Li
(3)
,
Jingjing Liang
,
Jianjun Liu
,
Kiang Liu
,
Marie Loh
,
Tin Louie
,
Reedik Mägi
,
Ani Manichaikul
,
Colin Mckenzie
,
Thomas Meitinger
,
Andres Metspalu
,
Yuri Milaneschi
,
Lili Milani
,
Karen Mohlke
,
Thomas Mosley
,
Kenneth Mukamal
,
Mike Nalls
,
Matthias Nauck
,
Christopher Nelson
,
Nona Sotoodehnia
,
Jeff O'Connell
,
Nicholette Palmer
,
Raha Pazoki
,
Nancy Pedersen
,
Annette Peters
,
Patricia Peyser
,
Ozren Polasek
,
Neil Poulter
,
Leslie Raffel
,
Olli Raitakari
,
Alex Reiner
,
Treva Rice
(3)
,
Stephen Rich
,
Antonietta Robino
,
Jennifer Robinson
,
Lynda Rose
,
Igor Rudan
,
Carsten Schmidt
,
Pamela Schreiner
,
William Scott
,
Peter Sever
,
Yuan Shi
(9)
,
Stephen Sidney
,
Mario Sims
,
Blair Smith
,
Jennifer Smith
,
Harold Snieder
,
John Starr
,
Konstantin Strauch
,
Nicholas Tan
(9)
,
Kent Taylor
(7)
,
Yik Ying Teo
(10)
,
Yih Chung Tham
(9)
,
André Uitterlinden
(11)
,
Diana van Heemst
,
Dragana Vuckovic
,
Melanie Waldenberger
,
Lihua Wang
(3)
,
Yujie Wang
,
Zhe Wang
(1)
,
Wen Bin Wei
,
Christine Williams
(3)
,
Gregory Wilson
,
Mary Wojczynski
(3)
,
Jie Yao
(7)
,
Bing Yu
,
Caizheng Yu
,
Jian-Min Yuan
,
Wei Zhao
,
Alan Zonderman
,
Diane Becker
,
Michael Boehnke
,
Donald Bowden
,
John Chambers
,
Ian Deary
,
Tõnu Esko
,
Martin Farrall
,
Paul Franks
,
Barry Freedman
,
Philippe Froguel
(13)
,
Paolo Gasparini
,
Christian Gieger
,
Bernardo Horta
,
Yoichiro Kamatani
,
Norihiro Kato
,
Jaspal Kooner
,
Markku Laakso
,
Karin Leander
,
Terho Lehtimäki
,
Patrik Magnusson
,
Brenda Penninx
,
Alexandre Pereira
,
Rainer Rauramaa
,
Nilesh Samani
,
James Scott
,
Xiao-Ou Shu
,
Pim van Der Harst
,
Lynne Wagenknecht
,
Ya Xing Wang
,
Nicholas Wareham
,
Hugh Watkins
,
David Weir
,
Ananda Wickremasinghe
,
Wei Zheng
,
Paul Elliott
,
Kari North
(8)
,
Claude Bouchard
,
Michele Evans
,
Vilmundur Gudnason
,
Ching-Ti Liu
,
Yongmei Liu
,
Bruce Psaty
,
Paul Ridker
,
Rob van Dam
(10)
,
Sharon Kardia
,
Xiaofeng Zhu
,
Charles Rotimi
(2)
,
Dennis Mook-Kanamori
,
Myriam Fornage
(1)
,
Tanika Kelly
,
Ervin Fox
,
Caroline Hayward
,
Cornelia van Duijn
(11)
,
E Shyong Tai
(10)
,
Tien Yin Wong
(9)
,
Jingmin Liu
,
Jerome Rotter
(7)
,
W James Gauderman
,
Michael Province
(3)
,
Patricia Munroe
(5)
,
Kenneth Rice
,
Daniel Chasman
,
L Adrienne Cupples
,
Dabeeru Rao
(3)
,
Alanna Morrison
(1)
1
UTHealth -
The University of Texas Health Science Center at Houston
2 NIH - National Institutes of Health [Bethesda, MD, USA]
3 WUSTL - Washington University in Saint Louis
4 University of Regensburg
5 QMUL - Queen Mary University of London
6 Washington University School of Medicine in St. Louis
7 Harbor UCLA Medical Center [Torrance, Ca.]
8 UNC - University of North Carolina at Chapel Hill
9 Singapore National Eye Centre and Duke-NUS [Singapore]
10 NUS - National University of Singapore
11 Erasmus MC - Erasmus University Medical Center [Rotterdam]
12 Département de Biologie Computationnelle - Department of Computational Biology
13 Institut Pasteur de Lille
2 NIH - National Institutes of Health [Bethesda, MD, USA]
3 WUSTL - Washington University in Saint Louis
4 University of Regensburg
5 QMUL - Queen Mary University of London
6 Washington University School of Medicine in St. Louis
7 Harbor UCLA Medical Center [Torrance, Ca.]
8 UNC - University of North Carolina at Chapel Hill
9 Singapore National Eye Centre and Duke-NUS [Singapore]
10 NUS - National University of Singapore
11 Erasmus MC - Erasmus University Medical Center [Rotterdam]
12 Département de Biologie Computationnelle - Department of Computational Biology
13 Institut Pasteur de Lille
Jennifer Huffman
- Fonction : Auteur
Solomon Musani
- Fonction : Auteur
Changwei Li
- Fonction : Auteur
Melissa Richard
- Fonction : Auteur
Raymond Noordam
- Fonction : Auteur
Hugues Aschard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1071662
- ORCID : 0000-0002-7554-6783
- IdRef : 139628924
Traci Bartz
- Fonction : Auteur
Lawrence Bielak
- Fonction : Auteur
Xuan Deng
- Fonction : Auteur
Rajkumar Dorajoo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 786095
- ORCID : 0000-0001-6608-2051
Kurt Lohman
- Fonction : Auteur
Alisa Manning
- Fonction : Auteur
Tuomo Rankinen
- Fonction : Auteur
Albert Smith
- Fonction : Auteur
Salman Tajuddin
- Fonction : Auteur
Evangelos Evangelou
- Fonction : Auteur
Maris Alver
- Fonction : Auteur
Xu Chen
- Fonction : Auteur
Jasmin Divers
- Fonction : Auteur
Ilaria Gandin
- Fonction : Auteur
Chuan Gao
- Fonction : Auteur
Anuj Goel
- Fonction : Auteur
Yanick Hagemeijer
- Fonction : Auteur
Sarah Harris
- Fonction : Auteur
- PersonId : 800076
- ORCID : 0000-0002-2812-1651
Fernando Hartwig
- Fonction : Auteur
Meian He
- Fonction : Auteur
Andrea Horimoto
- Fonction : Auteur
Fang-Chi Hsu
- Fonction : Auteur
Anne Jackson
- Fonction : Auteur
Anuradhani Kasturiratne
- Fonction : Auteur
Pirjo Komulainen
- Fonction : Auteur
Brigitte Kühnel
- Fonction : Auteur
Federica Laguzzi
- Fonction : Auteur
Joseph Lee
- Fonction : Auteur
Jian'An Luan
- Fonction : Auteur
Leo-Pekka Lyytikäinen
- Fonction : Auteur
Nana Matoba
- Fonction : Auteur
Ilja Nolte
- Fonction : Auteur
Maik Pietzner
- Fonction : Auteur
Muhammad Riaz
- Fonction : Auteur
M Abdullah Said
- Fonction : Auteur
Robert Scott
- Fonction : Auteur
Tamar Sofer
- Fonction : Auteur
Alena Stančáková
- Fonction : Auteur
Fumihiko Takeuchi
- Fonction : Auteur
Bamidele Tayo
- Fonction : Auteur
Peter van Der Most
- Fonction : Auteur
Tibor Varga
- Fonction : Auteur
- PersonId : 801140
- ORCID : 0000-0002-2383-699X
Erin Ware
- Fonction : Auteur
Wanqing Wen
- Fonction : Auteur
Lisa Yanek
- Fonction : Auteur
Weihua Zhang
- Fonction : Auteur
Jing Hua Zhao
- Fonction : Auteur
Saima Afaq
- Fonction : Auteur
Marzyeh Amini
- Fonction : Auteur
Dan Arking
- Fonction : Auteur
Christie Ballantyne
- Fonction : Auteur
Eric Boerwinkle
- Fonction : Auteur
Ulrich Broeckel
- Fonction : Auteur
Archie Campbell
- Fonction : Auteur
Mickaël Canouil
- Fonction : Auteur
- PersonId : 781235
- ORCID : 0000-0002-3396-4549
- IdRef : 224973177
John Connell
- Fonction : Auteur
Ulf de Faire
- Fonction : Auteur
Renée de Mutsert
- Fonction : Auteur
H Janaka de Silva
- Fonction : Auteur
Jingzhong Ding
- Fonction : Auteur
Anna Dominiczak
- Fonction : Auteur
Qing Duan
- Fonction : Auteur
Charles Eaton
- Fonction : Auteur
Ruben Eppinga
- Fonction : Auteur
Jessica Faul
- Fonction : Auteur
Virginia Fisher
- Fonction : Auteur
Terrence Forrester
- Fonction : Auteur
Yechiel Friedlander
- Fonction : Auteur
Franco Giulianini
- Fonction : Auteur
Hans Grabe
- Fonction : Auteur
Tamara Harris
- Fonction : Auteur
Sami Heikkinen
- Fonction : Auteur
Chew-Kiat Heng
- Fonction : Auteur
Makoto Hirata
- Fonction : Auteur
James Hixson
- Fonction : Auteur
Barbara Howard
- Fonction : Auteur
David Jacobs
- Fonction : Auteur
Craig Johnson
- Fonction : Auteur
Jost Bruno Jonas
- Fonction : Auteur
Candace Kammerer
- Fonction : Auteur
Tomohiro Katsuya
- Fonction : Auteur
Chiea Chuen Khor
- Fonction : Auteur
- PersonId : 794004
- ORCID : 0000-0002-1128-4729
Tuomas Kilpeläinen
- Fonction : Auteur
Heikki Koistinen
- Fonction : Auteur
Ivana Kolcic
- Fonction : Auteur
Charles Kooperberg
- Fonction : Auteur
Jose Krieger
- Fonction : Auteur
Steve Kritchevsky
- Fonction : Auteur
Michiaki Kubo
- Fonction : Auteur
Johanna Kuusisto
- Fonction : Auteur
Timo Lakka
- Fonction : Auteur
Carl Langefeld
- Fonction : Auteur
Claudia Langenberg
- Fonction : Auteur
Lenore Launer
- Fonction : Auteur
Benjamin Lehne
- Fonction : Auteur
Rozenn Lemaitre
- Fonction : Auteur
Jingjing Liang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 801651
- ORCID : 0000-0001-9439-9320
Jianjun Liu
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764292
- ORCID : 0000-0002-3255-3019
Kiang Liu
- Fonction : Auteur
Marie Loh
- Fonction : Auteur
Tin Louie
- Fonction : Auteur
Reedik Mägi
- Fonction : Auteur
Ani Manichaikul
- Fonction : Auteur
Colin Mckenzie
- Fonction : Auteur
Thomas Meitinger
- Fonction : Auteur
Andres Metspalu
- Fonction : Auteur
Yuri Milaneschi
- Fonction : Auteur
Lili Milani
- Fonction : Auteur
Karen Mohlke
- Fonction : Auteur
Thomas Mosley
- Fonction : Auteur
Kenneth Mukamal
- Fonction : Auteur
Mike Nalls
- Fonction : Auteur
Matthias Nauck
- Fonction : Auteur
Christopher Nelson
- Fonction : Auteur
Nona Sotoodehnia
- Fonction : Auteur
Jeff O'Connell
- Fonction : Auteur
Nicholette Palmer
- Fonction : Auteur
Raha Pazoki
- Fonction : Auteur
Nancy Pedersen
- Fonction : Auteur
Annette Peters
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764072
- ORCID : 0000-0001-6645-0985
Patricia Peyser
- Fonction : Auteur
Ozren Polasek
- Fonction : Auteur
Neil Poulter
- Fonction : Auteur
Leslie Raffel
- Fonction : Auteur
Olli Raitakari
- Fonction : Auteur
Alex Reiner
- Fonction : Auteur
Stephen Rich
- Fonction : Auteur
Antonietta Robino
- Fonction : Auteur
Jennifer Robinson
- Fonction : Auteur
Lynda Rose
- Fonction : Auteur
Igor Rudan
- Fonction : Auteur
Carsten Schmidt
- Fonction : Auteur
Pamela Schreiner
- Fonction : Auteur
William Scott
- Fonction : Auteur
Peter Sever
- Fonction : Auteur
- PersonId : 807495
- ORCID : 0000-0003-0421-2409
Stephen Sidney
- Fonction : Auteur
Mario Sims
- Fonction : Auteur
Blair Smith
- Fonction : Auteur
Jennifer Smith
- Fonction : Auteur
Harold Snieder
- Fonction : Auteur
John Starr
- Fonction : Auteur
Konstantin Strauch
- Fonction : Auteur
Diana van Heemst
- Fonction : Auteur
Dragana Vuckovic
- Fonction : Auteur
Melanie Waldenberger
- Fonction : Auteur
Yujie Wang
- Fonction : Auteur
Wen Bin Wei
- Fonction : Auteur
Gregory Wilson
- Fonction : Auteur
Bing Yu
- Fonction : Auteur
- PersonId : 765545
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Caizheng Yu
- Fonction : Auteur
Jian-Min Yuan
- Fonction : Auteur
Wei Zhao
- Fonction : Auteur
Alan Zonderman
- Fonction : Auteur
Diane Becker
- Fonction : Auteur
Michael Boehnke
- Fonction : Auteur
Donald Bowden
- Fonction : Auteur
John Chambers
- Fonction : Auteur
Ian Deary
- Fonction : Auteur
Tõnu Esko
- Fonction : Auteur
Martin Farrall
- Fonction : Auteur
Paul Franks
- Fonction : Auteur
Barry Freedman
- Fonction : Auteur
Paolo Gasparini
- Fonction : Auteur
Christian Gieger
- Fonction : Auteur
Bernardo Horta
- Fonction : Auteur
Yoichiro Kamatani
- Fonction : Auteur
Norihiro Kato
- Fonction : Auteur
Jaspal Kooner
- Fonction : Auteur
Markku Laakso
- Fonction : Auteur
Karin Leander
- Fonction : Auteur
- PersonId : 773564
- ORCID : 0000-0002-1404-9222
Terho Lehtimäki
- Fonction : Auteur
Patrik Magnusson
- Fonction : Auteur
Brenda Penninx
- Fonction : Auteur
Alexandre Pereira
- Fonction : Auteur
- PersonId : 761027
- ORCID : 0000-0002-7243-4807
Rainer Rauramaa
- Fonction : Auteur
Nilesh Samani
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802419
- ORCID : 0000-0002-3286-8133
James Scott
- Fonction : Auteur
- PersonId : 766233
- ORCID : 0000-0002-2263-7024
Xiao-Ou Shu
- Fonction : Auteur
Pim van Der Harst
- Fonction : Auteur
Lynne Wagenknecht
- Fonction : Auteur
Ya Xing Wang
- Fonction : Auteur
Nicholas Wareham
- Fonction : Auteur
Hugh Watkins
- Fonction : Auteur
David Weir
- Fonction : Auteur
Ananda Wickremasinghe
- Fonction : Auteur
Wei Zheng
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756070
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Paul Elliott
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764774
- ORCID : 0000-0003-1570-3289
Claude Bouchard
- Fonction : Auteur
Michele Evans
- Fonction : Auteur
Vilmundur Gudnason
- Fonction : Auteur
Ching-Ti Liu
- Fonction : Auteur
Yongmei Liu
- Fonction : Auteur
Bruce Psaty
- Fonction : Auteur
Paul Ridker
- Fonction : Auteur
Sharon Kardia
- Fonction : Auteur
Xiaofeng Zhu
- Fonction : Auteur
Dennis Mook-Kanamori
- Fonction : Auteur
Tanika Kelly
- Fonction : Auteur
Ervin Fox
- Fonction : Auteur
Caroline Hayward
- Fonction : Auteur
Jingmin Liu
- Fonction : Auteur
W James Gauderman
- Fonction : Auteur
Kenneth Rice
- Fonction : Auteur
Daniel Chasman
- Fonction : Auteur
L Adrienne Cupples
- Fonction : Auteur
Résumé
A person's lipid profile is influenced by genetic variants and alcohol consumption, but the contribution of interactions between these exposures has not been studied. We therefore incorporated gene-alcohol interactions into a multiancestry genome-wide association study of levels of high-density lipoprotein cholesterol, low-density lipoprotein cholesterol, and triglycerides. We included 45 studies in stage 1 (genome-wide discovery) and 66 studies in stage 2 (focused follow-up), for a total of 394,584 individuals from 5 ancestry groups. Analyses covered the period July 2014-November 2017. Genetic main effects and interaction effects were jointly assessed by means of a 2-degrees-of-freedom (df) test, and a 1-df test was used to assess the interaction effects alone. Variants at 495 loci were at least suggestively associated (P < 1 × 10-6) with lipid levels in stage 1 and were evaluated in stage 2, followed by combined analyses of stage 1 and stage 2. In the combined analysis of stages 1 and 2, a total of 147 independent loci were associated with lipid levels at P < 5 × 10-8 using 2-df tests, of which 18 were novel. No genome-wide-significant associations were found testing the interaction effect alone. The novel loci included several genes (proprotein convertase subtilisin/kexin type 5 (PCSK5), vascular endothelial growth factor B (VEGFB), and apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide 1 (APOBEC1) complementation factor (A1CF)) that have a putative role in lipid metabolism on the basis of existing evidence from cellular and experimental models.