La biodiversité est la résultante de toute une série d'interactions entre les différentes espèces vivantes constitutives d'un milieu donné, ou écosystème, et les conditions de milieu dans lequel elles évoluent. Parmi toutes les espèces présentes dans l'univers, le monde bactérien représente un contingent important qui vit en permanence avec l'homme depuis qu'il existe. Dès notre naissance, nous vivons en symbiose avec des centaines de milliards de bactéries. Chaque population possède un écosystème et un habitat qui lui est favorable (niche écologique). Ainsi, nous retrouvons ces micro-organismes dans tous les recoins de notre corps jusqu'au plus profond de nos organes qu'ils colonisent avec une grande diversité selon les territoires qu'ils occupent (tube digestif, peau, nez, oreille, vagin, bronches, etc.. .).