The Global Phosphorylation Landscape of SARS-CoV-2 Infection
Mehdi Bouhaddou
(1, 2)
,
Danish Memon
(3)
,
Bjoern Meyer
(4)
,
Kris M. White
(5)
,
Veronica V. Rezelj
(4)
,
Miguel Correa Marrero
(3)
,
Benjamin J. Polacco
(1, 2)
,
James E. Melnyk
(1, 6)
,
Svenja Ulferts
(7)
,
Robyn M. Kaake
(1, 2)
,
Jyoti Batra
(1, 2)
,
Alicia L. Richards
(1, 2)
,
Erica Stevenson
(1, 2)
,
David E. Gordon
(1, 2)
,
Ajda Rojc
(1, 2)
,
Kirsten Obernier
(1, 2)
,
Jacqueline M. Fabius
(1, 2)
,
Margaret Soucheray
(1, 2)
,
Lisa Miorin
(5)
,
Elena Moreno
(5)
,
Cassandra Koh
(4)
,
Quang Dinh Tran
(4)
,
Alexandra Hardy
(4)
,
Rémy Robinot
(8)
,
Thomas Vallet
(4)
,
Benjamin E. Nilsson-Payant
(5)
,
Claudia Hernandez-Armenta
(3)
,
Alistair Dunham
(3)
,
Sebastian Weigang
(7)
,
Julian Knerr
(7)
,
Maya Modak
(1, 2)
,
Diego Quintero
(1, 2)
,
Yuan Zhou
(1, 2)
,
Aurelien Dugourd
(9, 10)
,
Alberto Valdeolivas
(9, 10)
,
Trupti Patil
(1, 2)
,
Qiongyu Li
(1, 2)
,
Ruth Hüttenhain
(1, 2)
,
Merve Cakir
(1, 2)
,
Monita Muralidharan
(1, 2)
,
Minkyu Kim
(1, 2)
,
Gwendolyn Jang
(1, 2)
,
Beril Tutuncuoglu
(1, 2)
,
Joseph Hiatt
(1, 2)
,
Jeffrey Z. Guo
(1, 2)
,
Jiewei Xu
(1, 2)
,
Sophia Bouhaddou
(1)
,
Christopher J.P. Mathy
(1)
,
Anna Gaulton
(3)
,
Emma J. Manners
(3)
,
Eloy Félix
(3)
,
Ying Shi
(1, 6)
,
Marisa Goff
(5)
,
Jean K. Lim
(5)
,
Timothy Mcbride
(11)
,
Michael C. O’neal
(11)
,
Yiming Cai
(11)
,
Jason C.J. Chang
(11)
,
David J. Broadhurst
(11)
,
Saker Klippsten
(11)
,
Emmie de Wit
(12)
,
Andrew R. Leach
(3)
,
Tanja Kortemme
(1)
,
Brian Shoichet
(1)
,
Melanie Ott
(2)
,
Julio Saez-Rodriguez
(7)
,
Benjamin R. Tenoever
(5)
,
R. Dyche Mullins
(1, 5)
,
Elizabeth R. Fischer
(12)
,
Georg Kochs
(13, 7)
,
Robert Grosse
(6, 7, 14)
,
Adolfo García-Sastre
(5)
,
Marco Vignuzzi
(4)
,
Jeffery R. Johnson
(5)
,
Kevan M. Shokat
(1, 6)
,
Danielle L. Swaney
(1, 2)
,
Pedro Beltrao
(1, 3)
,
Nevan J. Krogan
(1, 2, 5)
1
QBI -
Quantitative Biosciences Institute [UC San Francisco, USA]
2 Gladstone Institutes [San Francisco]
3 EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute [Hinxton]
4 Populations virales et Pathogenèse - Viral Populations and Pathogenesis
5 MSSM - Icahn School of Medicine at Mount Sinai [New York]
6 HHMI - Howard Hughes Medical Institute
7 Albert-Ludwigs-Universität Freiburg = University of Freiburg
8 CNRS-UMR3569 - Virus et Immunité - Virus and immunity
9 Universität Heidelberg [Heidelberg] = Heidelberg University
10 Heidelberg University Hospital [Heidelberg]
11 Zoic Labs [Culver City, CA]
12 Rocky Mountain Laboratories
13 VRI - Vaccine Research Institute [Créteil, France]
14 CIBSS - Centre for Integrative Biological Signalling Studies [Freiburg]
2 Gladstone Institutes [San Francisco]
3 EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute [Hinxton]
4 Populations virales et Pathogenèse - Viral Populations and Pathogenesis
5 MSSM - Icahn School of Medicine at Mount Sinai [New York]
6 HHMI - Howard Hughes Medical Institute
7 Albert-Ludwigs-Universität Freiburg = University of Freiburg
8 CNRS-UMR3569 - Virus et Immunité - Virus and immunity
9 Universität Heidelberg [Heidelberg] = Heidelberg University
10 Heidelberg University Hospital [Heidelberg]
11 Zoic Labs [Culver City, CA]
12 Rocky Mountain Laboratories
13 VRI - Vaccine Research Institute [Créteil, France]
14 CIBSS - Centre for Integrative Biological Signalling Studies [Freiburg]
Mehdi Bouhaddou
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805135
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Danish Memon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805143
- ORCID : 0000-0002-1365-0710
Bjoern Meyer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 804731
- ORCID : 0000-0002-7903-5710
Miguel Correa Marrero
- Fonction : Auteur
- PersonId : 818728
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Kirsten Obernier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805137
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Margaret Soucheray
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805139
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Elena Moreno
- Fonction : Auteur
- PersonId : 793437
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Cassandra Koh
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805145
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Quang Dinh Tran
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806851
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Alexandra Hardy
- Fonction : Auteur
- PersonId : 816087
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Rémy Robinot
- Fonction : Auteur
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Thomas Vallet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805146
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Alistair Dunham
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805144
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Sebastian Weigang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805148
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Maya Modak
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805142
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Yuan Zhou
- Fonction : Auteur
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- ORCID : 0000-0003-1804-2092
Aurelien Dugourd
- Fonction : Auteur
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Alberto Valdeolivas
- Fonction : Auteur
- PersonId : 792456
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Trupti Patil
- Fonction : Auteur
- PersonId : 818730
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Ruth Hüttenhain
- Fonction : Auteur
- PersonId : 800538
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Merve Cakir
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805138
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Monita Muralidharan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 818731
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Minkyu Kim
- Fonction : Auteur
- PersonId : 818732
- ORCID : 0000-0001-9317-1658
Gwendolyn Jang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805140
- ORCID : 0000-0001-7806-9874
Beril Tutuncuoglu
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805141
- ORCID : 0000-0002-5458-2988
Jiewei Xu
- Fonction : Auteur
- PersonId : 804240
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Christopher J.P. Mathy
- Fonction : Auteur
- PersonId : 818733
- ORCID : 0000-0002-5546-9733
Anna Gaulton
- Fonction : Auteur
- PersonId : 818734
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Ying Shi
- Fonction : Auteur
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Saker Klippsten
- Fonction : Auteur
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Melanie Ott
- Fonction : Auteur
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Julio Saez-Rodriguez
- Fonction : Auteur
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Robert Grosse
- Fonction : Auteur correspondant
- PersonId : 797592
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Adolfo García-Sastre
- Fonction : Auteur correspondant
Marco Vignuzzi
- Fonction : Auteur correspondant
- PersonId : 760931
- ORCID : 0000-0002-4400-771X
- IdRef : 061646814
Jeffery R. Johnson
- Fonction : Auteur correspondant
Kevan M. Shokat
- Fonction : Auteur correspondant
Danielle L. Swaney
- Fonction : Auteur correspondant
Pedro Beltrao
- Fonction : Auteur correspondant
Résumé
The causative agent of the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), has infected millions and killed hundreds of thousands of people worldwide, highlighting an urgent need to develop antiviral therapies. Here we present a quantitative mass spectrometry-based phosphoproteomics survey of SARS-CoV-2 infection in Vero E6 cells, revealing dramatic rewiring of phosphorylation on host and viral proteins. SARS-CoV-2 infection promoted casein kinase II (CK2) and p38 MAPK activation, production of diverse cytokines, and shutdown of mitotic kinases, resulting in cell cycle arrest. Infection also stimulated a marked induction of CK2-containing filopodial protrusions possessing budding viral particles. Eighty-seven drugs and compounds were identified by mapping global phosphorylation profiles to dysregulated kinases and pathways. We found pharmacologic inhibition of the p38, CK2, CDK, AXL, and PIKFYVE kinases to possess antiviral efficacy, representing potential COVID-19 therapies.
Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
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